川崎市立平中学校を卒業。東京ヴェルディ1969・ジュニアユースチームに所属していたが、まだ中学生であった2004年3月13日に静岡県磐田市のヤマハスタジアムで開かれたジュビロ磐田戦に後半6分から出場。Jリーグ史上最年少の15歳10ヶ月6日で公式戦出場を果たすと、デビュー戦ながらも積極的に攻撃に絡んだ。特に鋭いドリブルで山西尊裕を振り切ってシュートを打ったシーンは、ヴェルディサポーターのみならず、日本中のサッカーファンや関係者に衝撃を与えた。
Jリーグでの初ゴールも時間の問題かと思われたが、デビューから6試合(いずれも途中出場)は無得点に終わってしまう。
そうして迎えた15歳最後のゲーム、2004年5月5日、味の素スタジアムで開かれたジェフユナイテッド市原戦においてゴールを決め、15歳11カ月28日J1最年少得点の記録を更新した。また、このゴールがこの試合の決勝点となった。
そのシーズンに計4得点を挙げ、2004年度のJリーグ最優秀新人王に輝いたが、もちろんこれも史上最年少記録（16歳）である。
更に
Sunday 28 January 2007MORI...Colantuono!
Tripudio tra i tifosi rossazzurri...Morimoto, ospite "in esclusiva" a Radio Catanista martedě 16 Gennaio, regala il pareggio al Catania al suo esordio. In dieci minuti materializza un incubo per mister Colantuono. Mori stupisce anche davanti alle telecamere e ai microfoni di Sky dicendo "'mbare..."
Morimoto Show
Il giapponesino rimanda i sogni di gloria di Stefano Colantuono destinato a non vincere contro la sua ex squadra. Morimoto salva il Catania nei minuti finali con una giocata degna dei migliori giocolieri del calcio...e adesso scoppia la "Morimotomania"
Minuti finali...attimi intensi di una partita ormai compromessa. Il Catania č sotto di un gol a zero contro l'Atalanta di Colantuono...l'ultima cartuccia di Marino per svegliare il suo abulico Catania si chiama Morimoto.
Sembrava la carta della disperazione, la solita sostituzione dettata dalla voglia di dare una occasione al talento del Sol Levante. Al 38' entra Morimoto...piccoli passi, brevi, veloci, intensi...
Al giapponesino bastano soli quattro minuti, quando l'orologio svela il 42' scatta il "Morimoto Day"...pallone in mezzo all'area, scatto bruciante, fulminante, dribbling stretto ad eludere l'intervento di Rivalta e pallone scaraventato alle spalle di Calderoni. Rete, rete e tripudio...gioia incontenibile sul volto di Morimoto, corsa sfrenata da parte dei compagni e dell'intera panchina ad abbracciare lui, si proprio lui..."Mori",oggi salvatore, oggi Re, oggi rivelazione.
Cosi si č materializzata la favola che ha concesso al Catania di acciuffare per i capelli una partita che sembrava ormai compromessa, giocata male dai rossazzurri e dominata dai bergamaschi.
Questo per il momento conta poco...Forse conta solo il pareggio, il quarto posto in classifica, ma soprattutto le emozioni materializzate in due occhi a mandorla, in un sorriso, nella gioia e nella freschezza di un campione in erba chiamato Morimoto. Grazie Mori...
開催、ナビスコ杯予選·川崎フロンターレ戦（味の素）でナビスコ杯の史上最年少ゴール（16歳10ヵ月12日）を記録した。
、イタリア・セリエAに昇格したカターニアに1年間の期限付き移籍が決定した。 2007年1月29日(日本時間)、対アタランタ戦で後半39分から出場しセリエA日本人最年少出場を記録し、その試合の後半43分にゴールを決めた。（セリエA日本人最年少得点） その風貌・プレースタイルから「和製ロナウド」の異名をとり、森本自身もロナウドを尊敬している。
